捷德奥特曼击败他的父亲贝利亚奥特曼后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但其肉体却化为碎片飘散在宇宙，名为”恶魔碎片”。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。恶魔碎片能让怪兽变得凶暴，恶徒利用恶魔碎片，它开始毁灭行星，使宇宙陷入了危机，而它的下一个目标是地球。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”，在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。